苏丹南部地区公投当地时间1月9日8时(北京时间13时)开始。公投为期一周，将决定南部地区是否从苏丹分离。
近400万苏丹南方登记选民当天开始在全国各地和8个海外国家投票，其中超过95%的选民在苏丹南方各州投票。选民凭身份证，核对登记名单后用染色的拇指在“统一”或“分离”选项上按下手印。选票随即投入选票箱密封起来。
苏丹第一副总统兼南方自治政府主席萨尔瓦·基尔当天早晨前往苏丹人民解放运动创始人约翰·加朗的墓地，向这位南方执政党已故领导人致敬默哀，随后在附近投票站投下第一票。
“我们的安全力量将力保苏丹南方人民投票的安全，”他说，“我重申，所有生活在南方的北方人和外国人，他们的财产必须受到保护。”
在朱巴大学投票站，一早就在排队等候的安亚克和全家人完成了投票。“希望这次投票能和平完成，并真实反映我们的意愿，”这位内战期间随父母辗转到埃塞俄比亚、苏丹首都喀土穆的丁卡族大学生说，“我们在内战中受尽了苦难，希望今后所有苏丹人都能在和平稳定的环境下有尊严地生活。”
观摩投票仪式的美国民主党参议员约翰·克里在接受新华社记者采访时说，希望公投能和平举行。只要各方怀着真诚和善意，相信北南双方的一些分歧能够在公投后的6个月过渡期解决。
公投期间，部署在各地约6万名警察严阵以待，维护治安。有1万多名国内观察员和1500多名国际观察员在各投票点巡视观察，保证公投透明公正举行。
2005年，深陷内战20多年之久的苏丹北南双方签订《全面和平协议》，其中一项核心内容就是举行苏丹南部地区公投。国际社会普遍希望这次公投能真实反映人民意愿，使苏丹走上永久和平之路。